沿革

大正14年1月18日: 亀川海軍病院として創設。
昭和10年4月1日: 速見郡亀川町が別府市に編入されたため、別府海軍病院と名称変更。
昭和20年12月1日: 厚生省に移管、国立亀川病院として発足。
昭和25年7月1日: 国立別府病院と名称変更。
国立別府病院（別府市田の湯：元陸軍病院）と、国立別府温泉病院（別府市大字鶴見：元傷痍軍人別府温泉保養所）を、亀川町の国立別府病院に統合。前者が田の湯病棟、後者が温泉病棟となった。
昭和39年～44年: 第一次特別整備病院として病棟（昭和42年）、本館（昭和43年）、サービス棟（昭和44年）の整備が行われた。
平成13年12月1日: 地域医療研修センター開設。
平成16年4月1日: 国立病院・国立療養所の独立行政法人化に伴い、独立行政法人　国立病院機構　別府医療センターと名称変更。
平成20年5月30日: 新病棟等（南・北病棟、ICU、血液浄化センター、手術・中央材料室、栄養管理室、受電室など）の新築整備。
平成23年4月1日: 電子カルテシステム稼働開始、フィルムレス化。
平成24年3月29日: 保育所新築整備（竣工）。
平成24年10月20日: 新外来棟等建替整備（竣工）。
平成25年9月30日: ヘリポート（竣工）。
平成27年3月15日: 新精神病棟等（竣工）。
平成29年4月7日: 日本医療機能評価機構認定（一般HP2）。