〒874-0011 大分県別府市大字内竈(かまど)1473番地
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沿革

大正14年1月18日
亀川海軍病院として創設。
昭和10年4月1日
速見郡亀川町が別府市に編入されたため、別府海軍病院と名称変更。
昭和20年12月1日
厚生省に移管、国立亀川病院として発足。
昭和25年7月1日
国立別府病院と名称変更。
国立別府病院(別府市田の湯:元陸軍病院)と、国立別府温泉病院(別府市大字鶴見:元傷痍軍人別府温泉保養所)を、亀川町の国立別府病院に統合。前者が田の湯病棟、後者が温泉病棟となった。
昭和27年11月30日
温泉病棟を厚生省社会局(国立重度障害者センター)に移管。
昭和39年~44年
第一次特別整備病院として病棟(昭和42年)、本館(昭和43年)、サービス棟(昭和44年)の整備が行われた。
平成13年12月1日
地域医療研修センター開設。
平成16年4月1日
国立病院・国立療養所の独立行政法人化に伴い、独立行政法人 国立病院機構 別府医療センターと名称変更。
平成20年5月30日
新病棟等(南・北病棟、ICU、血液浄化センター、手術・中央材料室、栄養管理室、受電室など)の新築整備。
平成22年9月15日
旧病棟(東西病棟)等の解体。
平成24年3月29日
保育所新築整備(竣工)。
平成24年10月20日
新外来棟等建替整備(竣工)。
平成25年9月30日
ヘリポート(竣工)。
平成27年3月15日
新精神病棟等(竣工)。